Je suis Maître de Conférences en informatique à l'université de Rouen depuis 1991. J’ai commencé ma carrière d’enseignante durant mes études en tant que maître auxiliaire en collège et en lycée puis j’ai intégré l‘ université du Havre de 1985 à 1991 en tant qu’ assistante puis maître de conférences en informatique avant d’être nommée à l’université de Rouen.

Mathématicienne de formation initiale, je me suis orientée vers l’informatique à partir du troisième cycle lors de ma thèse sur la combinatoire des codes sous la direction de Dominique Perrin.

Mes activités de recherche se situent actuellement dans le domaine de la bioinformatique et l'algorithmique du texte. En 1998, j'ai intégré le PPF ABISS (Atelier de Biologie Informatique, Statistiques et Sociololinguistique) qui est devenu en 2006 partie intégrante de l'équipe TIBS du LITIS. Je travaille au sein de cette équipe en collaboration avec des biologistes et des statisticiens.

Mes travaux de recherche s'inscrivent dans les thèmes suivants :

- détection de répétitions exactes et approchées dans les séquences biologiques ;

- comparaison de génomes ;

- mise à jour de structures d'indexation.

J’ai dirigé l’Institut de Recherche de l'Enseignement des Mathématiques (IREM) de Rouen de 1998 à 2005. Je suis membre du groupe IREM « Cailloux » dont les travaux portent sur les thématiques informatiques :

     - étude de l'histoire des instruments de calcul ;

     - aspects pédagogiques de l'enseignement de la programmation auprès d'un public débutant.

J'effectue mes travaux de recherche au sein de l'équipe TIBS du LITIS. Mes activités de recherche portent sur la résolution de problèmes informatiques autour des sciences du vivant dans le domaine de la bioinformatique, l'analyse des génomes et l'algorithmique du texte appliquée à la bioinformatique. Elles portent plus précisément sur :
- la détection de répétitions exactes et approchées dans les séquences biologiques ;
- la comparaison de génomes ;
- la mise à jour de structures d'indexation ;
- nouvelle génération de séquençage.

La détection de la redondance des régions dans un génome entièrement séquencé fournit des informations essentielles pour la compréhension de l'évolution des génomes et des espèces, la recherche de diagnostiques et de traitements. Les méthodes développées dans le cas de la détection de répétitions s'appuient essentiellement sur des techniques classiques de recherche dans le texte, mais également sur des structures d'indexation et les travaux les plus récents dans ce domaine.

Algorithmique du texte :
- Conception d'algorithmes de mise à jour de structures d'indexation compressées : Transformée de
Burrows-Wheeler, FM-Index
Mikael Salson, Thierry Lecroq, Laurent Mouchard, Martine Léonard;

Bioinformatique et génomique :
- Développement d'une plateforme multi-outils de génomique comparative pour l'analyse des
répétitions intra-génomiques et pour la comparaison inter-génomique(accessible en intranet pour le
moment)
Emilie Tessier (Master Bioinformatique, Université de Rouen), Hélène Dauchel, Arnaud Lefebvre,
Martine Léonard;
url: http://bioinfo.litislab.fr/MetaForG

- Nouvelle Génération de Séquençage : recherche et classification de millions de courtes séquences
sur un génome
Collaboration nationale : Thérèse Commes (IGH Montpellier), Mikael Salson,
Nicolas Philippe (LIRMM Montpellier), Thierry Lecroq, Martine Léonard,
Eric Rivals (LIRMM Montpellier).


Conception d'algorithmes de mise à jour de structures d'indexation compressées :
Les structures d’indexation compressées permettent une recherche très rapide dans de grands textes en utilisant un espace inférieur à ceux-ci et a ansi permis l’indexation de génomes entiers de mammifères. Nous proposons une méthode de mise à jour dynamique du texte indexé qui s'avère en pratique plus rapide que la reconstruction complète de la structure compressée.

Développement d'une plateforme multi-outils de génomique comparative :
De nombreuses méthodes algorithmiques ont été proposées pour détecter efficacement les répétitions en tandem ou dispersées dans les séquences d'ADN et réaliser des comparaisons de génomes complets. Elles sont cependant éparses et le plus souvent non interfacées. La plateforme que nous développons rassemble pour la première fois une sélection de différents programmes bioinformatiques dédiés à la détection de séquences répétées, de type tandem et dispersées et à la comparaison de séquences de chromosomes complets. Elle intègre un browser de génomes qui permet de visualiser les répétitions détectées.

Nouvelle Génération de Séquençage (NGS) :
Les NGS constituent de nouveaux outils de très haut débit permettant d'explorer les données des génomes individuels. Ces nouvelles techniques nécessitent de rechercher des millions de courtes séquences au sein d’un génome. Nous proposons une méthode qui augmente significativement le pourcentage de séquences localisées.

See all my publications

Etablissement : Université de Rouen, UFR des Sciences et des Techniques, département informatique

Discipline : Informatique

Volume : 192h/an

Niveau et nature :

- L1 Sciences de la Vie et de la Terre (SVTE) :
Découverte de l'Informatique, introduction aux technologies web, bases de données et interfaçage PHP (TP) ;

- L1 Maths Informatique Electronique Electrotechnique et Automatique (MIEEA) :
Algorithmique, preuves de programme (TD, TP);
Technologies web, html, css (TP);

- L2 SVTE :
Programmation Python (C, TD, TP);

- L3 Informatique :
Théorie des langages (TD);

- M1 Informatique :
Compilation (TD);

- M2 Bioinformatique :
Théorie des graphes (C, TD);
Automates (C,TD).