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Les membres de notre équipe.

Permanents

  • Abdeddaïm Saïd MCU 27
  • Bérard Caroline MCU 26
  • Darmoni Stéfan J. PUPH 46-04
  • Dauchel Hélène MCU 64
  • Gehanno Jean-François PUPH 46-02
  • Guesnet Yannick MCU 27
  • Lecroq Thierry PU 27
  • Lefebvre Arnaud MCU 27
  • Léonard Martine MCU 27
  • Mouchard Laurent MCU 27
  • Prieur-Gaston Élise MCU 27
  • Soualmia Lina MCU 27

Doctorants

  • Bouhamed Heni co-tutelle Sfax, Tunisie
  • Griffon Nicolas, Financement région Haute-Normandie
  • Grosjean Julien, Financement région Haute-Normandie
  • Haddoud Mounia co-tutelle Alger, Algérie
  • Moalla Zied co-tutelle Sfax, Tunisie
  • Rollin Laetitia CHU Rouen

Post doctorant

  • Merabti Tayeb

Associés

  • Alexandre Joël CR CNRS 28
  • Cellier Dominique MCU 26 à la retraite
  • Coutant Sophie ingénieur, U1079, Rouen
  • Dahamna Badisse ingénieur, CHU Rouen
  • Daykin Jackie, King's College London, UK
  • Dutoit Dominique, Memodata
  • Groult Richard, MCU 27 UPJV Amiens
  • Kerdelhué Gaëtan documentaliste, CHU Rouen
  • Kergoulay Ivan ingénieur, CHU Rouen
  • Letord Catherine, CHU Rouen
  • Pereira Suzanne, Vidal
  • Sibert Louis professeur associé, CHU Rouen
  • Thirion Benoit conservateur, CHU Rouen
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Équipe "Traitement de l'information en Biologie Santé"

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Actualités de l'équipe

Départ à la retraite de Dominique Cellier

 

Notre statisticien Dominique Cellier est parti à la retraite ce 1° novembre 2011. Bonne retraite!! Le conseil de laboratoire du 17 novembre a décidé de lui conférer le statut d'associé à TIBS.

Visite

22/11/2010

Hao Wang

Hao Wang étudiant en troisième année de thèse à l'Université Technologique d'Hefei (Chine) est arrivé le lundi 22 novembre pour une durée de 7 mois.

Il va travailler sur la recherche multiple avec jokers et avec contraintes.

Soutenance de thèse

14/11/2010

Saoussen Sakji

Date : mardi 23 novembre 2010 à 14h30

Lieu : faculté de médecine, salle 407

Titre : Recherche d'information et indexation automatique de médicaments à l'aide de plusieurs terminologies de santé

Résumé : L’utilisation des données médicales et l’accès à une information concise sont devenus des enjeux majeurs, non seulement, pour les professionnels de santé mais aussi pour le grand public. Pour faciliter à atteindre cet objectif, plusieurs terminologies médicales ont été développées. Ces dernières sont employées, généralement, pour des finalités différentes. Par exemple, la classification ATC est utilisée pour classer les médicaments, la nomenclature SNOMED pour le codage clinique, les classifications CIM-10 et CCAM pour le codage épidémiologique puis médico-économique, le thésaurus MeSH pour la bibliographie...

 Ainsi, dans un contexte appliqué au domaine de la recherche d’information médicale, les objectifs de cette thèse ont été la création d’un modèle de recherche utilisant plusieurs terminologies médicales, dans un premier temps. Cet univers multi-terminologique permet d’améliorer la qualité de l’information restituée selon les propres connaissances des utilisateurs. Ensuite, nous avons été amenés à concevoir une approche d’indexation automatique, par la classification ATC, pour les ressources du Portail d’Information sur les Médicaments (PIM), conçu dans le cadre du projet européen PSIP. Cette indexation a pour but d’améliorer l’indexation des médicaments afin de fournir à l’utilisateur une information plus fine et détaillée. Enfin, nous avons modifié notre algorithme de recherche afin de l’adapter à notre nouvelle structure multi-terminologique.

Mots-clefs : indexation et rédaction du résumé comme sujet ; médicaments ; recherche et stockage d'information ; terminologie ; traitement langage naturel ; vocabulaire contrôlé.

Jury :

  • Stéfan DARMONI                       Directeur de thèse
  • Michel JOUBERT                        Co-encadrant
  • Jean-François GEHANNO          Co-encadrant
  • Alain VENOT                             Rapporteur
  • Lynda TAMINE-LECHANI           Rapporteuse
  • Thierry PAQUET                        Examinateur

Visite

14/11/2010

Gabriele Fici

Gabriele Fici de l'I3S à Nice nous a rendu visite du 6 au 13 novembre 2010.

Soutenance de thèse

21/06/2010

Tayeb MERABTI

Titre :

Méthodes pour la mise en relations des terminologies médicales : contribution à l’interopérabilité sémantique Inter et Intra terminologique

Jury :

  • Stéfan Darmoni (LITIS, Univ. Rouen, directeur)

  • Michel Joubert (LERTIM, Univ. de la Méditerranée, co-encadrant)

  • Thierry Lecroq (LITIS, Univ. Rouen, co-encadrant)

  • Jean-Marie Rodrigues (DSPIM, Univ. de Saint-Etienne, rapporteur)

  • Pierre Zweigenbaum (LIMSI, Univ. Paris-Sud, rapporteur)

Date et lieu

  • le jeudi 24 juin 2010 à 14h00
  • Salle des thèses de la faculté de médecine
    22 boulevard Gambetta
    Rouen

Nos publications

HAL

03/06/2008

Sur HAL

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Notre site web au CHU
Objectifs
Rechercher, indexer et extraire des informations pertinentes dans : des données biologiques (génomes et expression des génomes) ; des systèmes d'information en santé (CISMeF, serveur multiterminologies de santé, dossier électronique du patient).

Approche : 

  • structures d’indexation
  • indexation automatique
  • algorithmes de recherche de motifs et de recherche d'information

Mots-clés :

  • Algorithmique du texte
  • Bioinformatique
  • Génomique
  • Statistiques
  • Recherche d'informations multiterminologiques
  • Interopérabilité sémantique inter et intra terminologies

Domaines d'application

  • biologie (séquences génomiques)
  • santé (données textuelles non structurées)

Partenaires et projets

Projets

  • ANR InterSTIS (Interopérabilité Sémantique des Terminologies dans les Systèmes d'Information de Santé Français) 2007-2010
  • ANR ALADIN-DTH (Assistant de Lutte Automatisée et de Détection des Infections Nosocomiales à partir de Documents Textuels Hospitaliers) 2008-2011
  • ANR L3IM (Langage Iconique et Interfaces Interactives en Médecine) 2008-2011
  • UMVF
  • GIP DMP
  • GRR ET FEDER PlaIR (plateforme d'indexation régionale)

Partenaires

Collaborations Internationales

  • PSIP (Patient Safety through Intelligent Procedures in medication) 2007-2010 (FP7-ICT-2007)
  • Orphanet (projet européen DG Sanco)
  • NLM (USA)
  • NIPH (Japon)
  • King's College London (UK)
  • Université de Catane (Italie)

Partenaires industriels

  • Vidal
  • Mémodata
  • Mondéca

Grands Réseaux de Recherche

  • Transport & Logistique, Technologies de l’Information

Autres réseaux

  • GDR IM - groupe de travail COMATEGE
  • GDR BIM - axe scientifique analyse des séquences
 

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